Tres especies lagartos insectívoros, el machurite Gonatodes vittatus, el mea-mea Gymnodactylus antillensis y la salamandra Phyllodactylus rutteni.
No se ha constatado la presencia de ofidios.
La avifauna es muy rica en especies nidificantes y migratorias cuya fuente principal de alimento es el mar. Entre las principales especies se identifican los pájaros bobos, como la boba marrón Sula leucogaster y la boba rabo blanco Sula sula ; varias especies de gaviotas, como la tiñosa Anous stolidus, que anida en las ramas del manglar, la gaviota común Sterna hirundo, la gaviota tiznada Sterna fuscata, la gaviota real Sterna maximus, el guanaguanare Larus atricilla y el alcatraz Pelecanus occidentalis.
Otras especies típicas de Los Roques son la garza pechiblanca Hidranassa tricolor, la tijereta de mar Fregata magnificens, el garzón cenizo Ardea herodias Ardea herodias y la garza rojiza Dichromanassa refuscens.
El pequeño grupo de aves terrestres comprende aquellas aves propias del medio xerófilo de la costa continental venezolana y que han fijado su residencia en las islas, llegando en algunos casos hasta adquirir formas endémicas. Está compuesto principalmente por la tortolita Columbina passerina albivita, el picaflor rubi Chrysolampis mosquitus, el pitirre gris Tyrannus dominicensis dominicensis, el garrochero curazoleño Myiarchis tyrannulus brevipennis, el botico encrestado curazoleño Sublegatus modestus pallens.
Las formas endémicas de esta avifauna serían la reinita Coereba flaveola lowii, y el canario de mangles Dendrica petechia obscura.
Una vistosa ave asociada a los ambientes costeros insulares es el togogo o flamenco Phoenicopterus ruber .
"Finalmente hay un pequeño grupo denominado Aves del Sol, caracterizadas por tener las dos plumas centrales de la cola muy alargadas, vuelan rápido y a alturas considerables pareciéndose su vuelo al de las palomas. En el mundo hay solamente tres especies de esta familia, de las cuales una de ellas, el chíparo, anida en número reducido en Los Hermanos y en Los Roques, donde ponen un solo huevo directamente en el suelo o sobre las rocas".
La fauna marina del archipiélago parece estar vinculada al área ecológica de la cuenca del Caribe.
En los fondos someros de las aguas interiores de la ensenada Los Corrales se puede observar los quelonios marinos.
Los peces aprovechan las praderas de Thallasia y otras hierbas submarinas para refugiarse y alimentarse.
Entre los peces las especies representativas son la cachama amarilla Holocanthus ciliaris, la negra Pomacanthus paru, la blanca P. arcuatus, la medio luto Holocanthus tricolor, y la isabelita Chaetodon striatus; el candil Holocentrus ascensionis, el rabirubio Ocyurus chrysurus, el cachicato Calamus calamus , el navajón azul Acanthurus coeruleus y el trampa o conejo A. hepatus; la cachúa Balistes vetula; varias especies de loros, el perico Scarus pusctulatus, la guacamaya S. guacamaia, el colorado Sparisoma abildgaardi y la raya Dasyatis sp.; varias especies de pargo Lutjanus sp., la cunamero Mycteroperca sp., la sofía Epinephelus guttatus, el coro-coro negro Haemulun carbamarium, el amarillo H. flavolineatun y H. sciurus y el barbudo o salmonete Pseudopeneus maculatus. Son importantes también la macarela Scomber colias, la carachana Euthynnus alleteratus, el cataco Selar crumenophthalmus, el jurel Caranx hippos, el pampano Trachinotus glaucus, la carapachona Harengula clupeola, el canalero Anchoviella estanguae, la lisa Mugil curema, la mojarra Eugerres plumier y Eucinostomus argenteus y la picúa Sphyraena barracuda.
Las especies más importantes del archipiélago son las langostas de mar, de las cuales hay tres especies del género Panilurus y una del género Scyllarides, y los moluscos como el botuto Strombus gigans.
Además el Parque Nacional Los Roques cuenta con otro recurso natural, los arrecifes coralinos, estos están formados por varias especies de corales tales como el cacho de venado Acropora cervicornis y Acropora prolifera, que se encuentran en el área de cayo Nordeste. Otra especie que forman los "manchones arrecifales" aparecen dispersas en el área de la Ensenada de Los Corrales son entre otras Montastrea annularis y Diploria labyrinthisformis. Los arrecifes de afuera, localizados en la Cabecera de Los Roques y en la parte sur de los cayos Nube Verde y Salina están formados principalmente porAcropora palmata, Acropora cervicornis, Montastrea annularis, Millepora sp. y Alcionarios.
Cerca de los corales abunda el plancton diminuto, estos organismos son fuente de alimento para muchas especies de animales marinos y para el mismo coral.
Entre los arrecifes se encuentran los erizos negros Diadema antillarum, y los erizos blancos Lytechinus variegatus, la anémona incrustante Palythoa mamillosa, el cangrejo moro Carpiluis corallinus y las esponjas de forma cilíndricas Callyspongya vaginalis. Los peces coralinos de formas extrañas y colores brillantes, algunos de los más notables por su belleza son los loros Scarus sp. de varios tonos de verde; las cachamas Holocanthus sp. y Pomacanthus sp., de cuerpo plano y alargado.
