En Los Roques parece haber existido una población indígena, los hallazgos arqueológicos realizados por la Sociedad de Ciencias Naturales indican la existencia de establecimientos indígenas de carácter temporal, dado lo escaso del material encontrado. Estos hallazgos incluyen vasijas, idolillos antropomorfos y restos de alfarería.
El Departamento de Antropología de dicha Sociedad realizó durante los años 1.950, 1952 y 1954 diversas excavaciones en Cayo Crasquí y Dos Mosquises Sur. La buena calidad del material encontrado así como su relativa riqueza tipológica indujeron a pensar que se trataba de un material proveniente de un grupo indígena bastante avanzado con asiento en algún lugar cercano al litoral central venezolano.
Más recientemente, Marlene y Andrzej Antczak han realizado investigaciones arqueológicas en Los Roques y han planteado hipótesis sobre los eslabones de la cadena de nuestros orígenes precolombinos. Según estos autores, las comparaciones estilísticas de cerámica de Los Roques con otros estilos cerámicos, permite establecer que los aborígenes venían a Los Roques desde el área del Lago de Valencia, puesto que la cerámica roqueña pertenece a la llamada Serie Valencioide. Algunos que otros fragmentos de recipientes o ámbar encontrados, indican una extensa red de intercambio que unía a los grupos precolombinos asentados en esta parte de América. Así, los visitantes de Los Roques mantenían contacto comerciales con los grupos étnicos de la costa central y occidental de Venezuela, con los del área del Orinoco y de Las Antillas Menores.
Los investigadores antes citados señalan no haber encontrado durante las excavaciones de los yacimientos aborígenes en Los Roques ningún objeto de origen europeo, lo que sugiere que los indígenas habían cesado en su presencia en Los Roques para los primeros años de la conquista. El más antiguo de los yacimientos precolombinos encontrados en Los Roques se ubica en Cayo Sal, donde se ha descubierto un depósito de desechos al lado de los cimientos de una construcción de piedra. Se han encontrado fragmentos de herramientas metálicas y calderos, restos de botellas y botijas, platos de arcilla y otros artefactos. Estos habitantes se dedicaban, entre otras actividades, a la quema de piedras de coral para producir cal, realizado en primitivos hornos que ardían durante varios días. La mayor parte de esta cal fue distribuida en el continente y el resto servía para las construcciones en el mismo archipiélago lo cual es constatado en restos localizados en Gresky, Rancho Ingles y Sebastopol, aun cuando se consiguen restos de hornos en otros cayos.
"Durante la segunda mitad del siglo XVIII, Los Roques y las demás islas fueron asiento de pesquerías de perlas y de pescadores temporales. También sirvieron de refugio a los piratas que merodeaban constantemente por todo el Caribe, atacando y saqueando los poblados donde no habían fortificaciones y asaltando los galeones españoles de la Compañía Guipuzcoana que regresaban a España cargados de riquezas.
A principios del siglo XIX la actividad más importante, aparte de la pesca, fue la explotación de guano y de las salinetas que existían en los escollos de Los Roques. Estas fueron mencionadas por Humboldt en 1816 en el relato de su "Viaje a las Regiones Equinocciales del Nuevo Continente" . En la segunda mitad de este siglo se estrecharon los contactos con las Antillas holandesas a través del comercio. En 1886 el gobierno venezolano otorgó un contrato al holandés Cornelio Boyé para que explotara los depósitos de guano, empleando curazoleños y a otros súbditos holandeses. La explotación de los recursos naturales del archipiélago cobró un cierto auge a finales de siglo, lo que fomentó su economía. En 1893 el gobierno concedió un contrato al General Félix Mesa mediante el cual éste se comprometía a colonizar Los Roques con margariteños y holandeses en un breve plazo. Las condiciones impuestas en el contrato, entre las que se incluía la obligación de plantar la isla con cocoteros, impidió la ejecución del mismo y dio lugar a su rescinsión.
La presencia de los curazoleños y demás holandeses en Los Roques dejó como huella el nombre de los cayos, la mayoría de los cuales son vocablos del papiamento".
